不正咬合の原因は、先天的なものと後天的なものに分けられます。先天的な原因は親から譲り受けるもので、鼻が高いとか丸いとか、目が大きいとか細いとかと同じように、歯の大きさ、数、形、あごの大きさ、形が似てきます。
これは残念ながら予防できません。後天的な原因としては、指しゃぶり、口呼吸、片側だけでかむ癖、乳歯のむし歯があげられます。これらを原因とする不正咬合は予防ができます。指しゃぶりは1,2歳までは生理的なものですが、それ以降はやめるよう方向付けてあげてください。口を閉じて、鼻で息をする。両方でかむ。など、お母さんがちょっとした注意をしてあげるだけで、予防できる場合もあります。
予防できる不正咬合であるか否かは矯正歯科を専門とする医師の判断に委ねたほうが良いと思います